La derrota de Huaqui echó por tierra las esperanzas de un fácil triunfo por el norte. Los hombres salvados del desastre son recibidas por Pueyrredón en Jujuy y bajan lentamente hasta Salta.
Al renunciar Pueyrredón a conducir el Ejército de Norte y retornar Juan José Castelli a la ex capital del virreinato, El gobierno de Buenos Aires designó a Manuel Belgrano para reorganizar la fuerza y marchar hacia el norte.
En Yatasto los encuentra Belgrano, quien recibe los 8O0 hombres, reliquia del ejército del Norte, sin armas, desmoralizados, incapaces al parecer de luchar, otra vez, contra las tropas del invasor español
La revolución parecía estar perdiendo la fuerza que le había dado origen.
En el Triunvirato, Bernardino Rivadavia y sus aliados no eran partidarios de seguir la Revolución. Estaban atentos a las noticias provenientes de Europa.
El imperio Napoleónico se resquebrajaba., crecía en España la esperanza de que algún día, Fernando VII volvería al trono.
A ese día futuro temían los porteños conservadores. ¿Cómo convencer a Fernando, de que la Revolución se hizo en su nombre?.
El Triunvirato prefería negociar con los realistas americanos y bajar el perfil de la Revolución. Temían al castigo, a la implacable represión con que ya se había castigado a otros rebeldes americanos.
Para esa tarea Belgrano no era el hombre indicado, al hacerse cargo, expulsó al obispo Fray Nicolás Videla del Pino, de Salta por tratar de herejes a los porteños; también echó de Jujuy a todos los que fueran sospechosos de estar en contra de la causa americana. El General Manuel Belgrano quería la Revolución. No estaba dispuesto a negociar, ni a ceder un palmo de la libertad conseguida.
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Con esfuerzo, Belgrano logró : "La Reorganización del Ejército del Norte". Esos oficiales y soldados desaliñados se transformaron en una fuerza disciplinada y capaz de batallar y mantener la tranquilidad a las poblaciones del norte.
Belgrano había logrado hecer carne en el pueblo que la Revolución era posible.
Mientras tanto en Buenos Aires, se cocinaba la traición. El Triunvirato, temeroso de lo que pudiera suceder en España, decide no enfrentar al ejercito invasor y empieza a ver en Belgrano un enemigo al que se debe desmovilizar.
El Triunvirato envia a Belgrano órdenes de de abandonar Jujuy al enemigo.
El General patriota entonces, ordena el éxodo jujeño con esta proclama:
"...Desde que puse el pie en vuestro suelo para hacerme cargo de vuestra defensa, en que se halla interesado el Excelentísimo Gobierno de las Provincias Unidas de la República del Río de la Plata, os he hablado con verdad. Siguiendo con ella os manifiesto que las armas de Abascal al mando de Goyeneche se acercan a Suipacha; y lo peor es que son llamados por los desnaturalizados que viven entre nosotros y que no pierden arbitrios para que nuestros sagrados derechos de libertad, propiedad y seguridad sean ultrajados y volváis a la esclavitud. Llegó, pues, la época en que manifestéis vuestro heroísmo y de que vengáis a reuniros al Ejército de mi mando, si como aseguráis queréis ser libres..."
Ejercito y pueblo abandonan Jujuy e inician la retirada hacia Tucuman.
La orden especificaba que la retirada debía dejar sólo campo raso frente al enemigo, de modo de no facilitarle casa, alimento, ganado, mercancías ni cosa alguna que le fuera utilizable. Los cultivos fueron cosechados o quemados, las casas destruidas, y los productos comerciales enviados a Tucumán. El rigor de la medida debió respaldarse con la amenaza de fusilar a quienes no cumplieran la orden.
La población acató sin mayores actos la medida a partir de los primeros días de agosto, demorándose algo más los vecinos pudientes, que requirieron de Belgrano carretas para transportar sus bienes.
Siguiendo las órdenes de Belgrano, los habitantes de Jujuy, a los que se sumaron algunos refugiados procedentes de Tarija y Chichas, abandonaron sus hogares y arrasaron con todo lo que dejaban atrás, a fin que las fuerzas realistas no pudiesen aprovechar ninguno de sus bienes y dejándolos sin víveres para sus tropas.
El ejército finalmente comenzó también su retirada el 23 de agosto en horas de la tarde; se arreó el ganado y se prendió fuego a las cosechas para desguarnecer al enemigo. Belgrano fue el último en dejar la ciudad deshabitada.
Los irregulares del coronel Díaz Vélez, encargados antes de observar la frontera noroeste para cuidar de los movimientos de Tristán, quedarían a la retaguardia. La marcha cubriría 50 km diarios, el quíntuple de lo recomendable, para buscar cobijo hacia el oeste.
El general Tristán envió sus avanzadas a hostilizar a los que se retiraban, dirigidos por el coronel Huici. Éste alcanzó a la columna sobre el río de las Piedras, entablándose el combate de Las Piedras. La rápida reacción de Díaz Vélez logró allí una victoria, cayendo en poder de los independentistas el mismo Huici.
El éxito obtenido en el combate de Las Piedras alentó a Belgrano a detener la marcha. Ya desde antes, Belgrano se había apercibido de que retirándose hasta Córdoba en espera de la ofensiva de los realistas, éstos podrían fácilmente esquivar las defensas en Córdoba y avanzar directamente sobre Buenos Aires.
De modo que, invitado por los tucumanos, y desobedeciendo las órdenes impartidas desde Buenos Aires de retirarse hasta la ciudad de Córdoba, se haría fuerte en San Miguel de Tucumán, donde hizo frente a Tristán.
Comunicó esta decisión al Triunvirato, pero Rivadavia le contestó ordenándolo nuevamente seguir viaje hacia Córdoba. Cuando esa orden llegó, Belgrano -junto con Díaz Vélez en su carácter de mayor general- ya habían derrotado a Tristán en la batalla de Tucumán y habían obligado a las tropas realistas a retroceder hacia el norte. De ese modo, los independentistas recuperaron el control de esa región, control que se hizo completo con una segunda y más completa victoria en la batalla de Salta.
Por otro lado, la victoria de Tucumán causó la caída del Primer Triunvirato y su reemplazo por el Segundo, que apoyó más decididamente al Ejército del Norte sin descuidar a Montevideo.